「iDeCo」加入者の年末調整・確定申告方法は？

配信日: 2022.10.29 更新日: 2025.10.21

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近年、加入者が増加している「iDeCo」。積み立ててきた掛け金は全額「所得控除」になり、年末調整・確定申告を行うことで住民税と所得税が軽くなるメリットがあります。本記事では「iDeCo」加入者の年末調整申請・確定申告の方法について解説します。

執筆者 : FINANCIAL FIELD編集部 ▼

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1 どうやったら控除を受けられるの？
2 注意しておく点はあるの？
3 まとめ

どうやったら控除を受けられるの？

所得控除には「生命保険料控除」「医療費控除」「配偶者控除」などよく知られているものがあり「iDeCo」の掛け金は、所得控除のひとつである「小規模企業共済等掛金」にあたります。

「iDeCo」に加入したら同時に税金が控除されるわけではなく「年末調整」「確定申告」を毎年行わないと所得控除のメリットを受けられません。

10月ごろから年末調整・確定申告に必要な「払込証明書」が郵送されてきます。「払込証明書」には、今年内に支払った掛け金の金額が記載されています（iDeCoの登録状況により、11月下旬～翌年1月下旬ごろに発行されることもあります。この場合は確定申告または「修正申告」が必要です）。

「iDeCo」の掛け金が事業主払込（給与天引き）の場合は、事業主が毎月の税額を計算する際にiDeCoの掛け金を控除する手続きを行うので払込証明書は発行されません。

＜年末調整で申請する場合＞
勤務先で年末調整の時期に渡される「給与所得者の保険料控除申告書」という書類の中に「確定拠出年金法に規定する個人型確定拠出年金」という記入欄があり、ここにiDeCoの掛け金（年額）を記入します。「払込証明書」を添付して勤務先に提出すれば、年末調整を行ってもらえます。

＜確定申告で申請する場合＞
自営業者など確定申告をする人は、翌年の確定申告期間（翌年2月15日～3月15日）に届け出が必要です。確定申告書の「所得控除」を記入する欄の中にある「小規模企業共済等掛金控除」という項目に、iDeCoの掛け金（年額）を記入し、払込証明書を添付し提出します。

確定申告書はパソコンやスマートフォンで作成して提出できます。マイナンバーカードがあれば申請書類を印刷せずに「電子申請（e-Tax)」も可能です。e-Taxでの申告ではiDeCoの払込証明書の添付は不要ですが、税務署から書類の提示または提出を求められることがあるので5年間保管しておく必要があります。

注意しておく点はあるの？

注意しておく点として「証明書を紛失しないこと」「申告を正しく行う」「控除できる対象が限られている」などがあります。iDeCoの「払込証明書」を紛失してしまった場合は再発行が可能です。再発行には、iDeCo口座を持つ金融機関に連絡して書類を提出する必要があり、時間がかかります。

年末調整や確定申告を間違え、納めた税金が多過ぎた場合や還付される税金が少な過ぎた場合、税務署へ「更正の請求書」を提出する必要があります。可能なのは申告期限から5年以内で、過ぎてしまうと申告できません。

iDeCoの運用中に出た運用益には税金がかからず、所得税と住民税の負担が軽減されるのがメリットですが、所得控除を受けられるのはiDeCoの加入者本人の掛け金だけで、配偶者や家族の分を合算することはできません。