「ふるさと納税」の“ワンストップ特例”を申請したのに「医療費控除」のために“確定申告”もしてしまった！「寄附金控除」は受けられない……？

配信日: 2026.02.27

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「ふるさと納税」の“ワンストップ特例”を申請したのに「医療費控除」のために“確定申告”もしてしまった！「寄附金控除」は受けられない……？

所属する企業などで年末調整を済ませても、「医療費控除」の適用を受けたい場合は個人で確定申告をしなければいけません。しかし、確定申告が不要になる特例である、ふるさと納税の「ワンストップ特例」を先に申請していた場合、その後に確定申告をしてしまうとどのような扱いになるのでしょうか。

本記事では、ふるさと納税と医療費控除の双方を申請したい場合について解説します。

執筆者 : FINANCIAL FIELD編集部 ▼

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1 “医療費控除”を受けるには「確定申告」が必要
2 確定申告すると「ふるさと納税」の“ワンストップ特例”は無効になる
3 “医療費控除”を受けるとふるさと納税の“控除上限額”が低くなる!?
4 まとめ

“医療費控除”を受けるには「確定申告」が必要

医療費控除を受けるためには、たとえ給与所得者などで年末調整を実施したとしても年末調整の対象外のため、個人で確定申告を実施する必要があります。

医療費控除は、1月1日から12月31日までの一年間で支払った医療費が10万円を超える場合、または総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5%分を超える場合に適用されます。

実際の控除額は、総所得金額等が200万円以上の場合は「（支払った医療費−保険金等で補填される金額）−10万円」で算出し、総所得金額等が200万円未満の場合は「（支払った医療費−保険金等で補填される金額）−（総所得金額等×5％）」で算出が可能です。

医療費控除の適用にあたっては、実際に医療費の支払いをした証明となる明細書を同時に提出する必要があります。明細書は国税庁でテンプレートをダウンロードできる医療費の詳細をまとめるための書類で、医療を受けた人もしくは医療機関ごとにまとめて医療費の記載が可能です。

また、レシートなどの領収書は添付不要ですが、5年間の保管義務がある点に注意しましょう。

確定申告すると「ふるさと納税」の“ワンストップ特例”は無効になる

では、確定申告が不要になるふるさと納税の「ワンストップ特例」の制度を事前に利用しているにもかかわらず、医療費控除を目的に確定申告をしてしまった場合はどうなるのでしょうか。

国税庁のサイトには、「ふるさと納税ワンストップ特例の適用に関する申請書を提出された方が、医療費控除の適用を受けるために確定申告をする場合、医療費控除やその他の控除（社会保険料控除など）のほか、ふるさと納税の金額を寄附金控除額の計算に含めて確定申告を行う必要があります」との記載があります。

つまり、「確定申告は不要」というワンストップ特例の申請内容は無効となり、もしも寄附金控除を含めずに申告してしまった場合、更正の請求を行う必要があります。

“医療費控除”を受けるとふるさと納税の“控除上限額”が低くなる!?

なお、ふるさと納税の控除上限額は、所得税・住民税の課税所得額をもとに算定されます。医療費控除は所得控除として分類されるため、医療費控除が適用された場合は課税所得が減少することになります。

すると、住民税や所得税などの負担も減ることになりますが、ふるさと納税によって控除できる上限額も同時に小さくなる可能性があり、医療費控除を申請しなかった場合との控除額に差が生まれるケースも考えられます。

そのため、ふるさと納税に加え医療費控除の申請を同年に検討している場合は、医療費控除を実施したうえでの控除上限額を考慮し、事前にシミュレーションを実施しておくといいかもしれません。

まとめ

今回のように、複数の控除区分にまたがって税額の申請を行う場合、ほかの納税額に影響を及ぼす可能性があります。

掲題のケースの場合、寄附金控除が受けられないわけではありませんが更正の請求等が必要になります。申請をした後に、ミスやトラブルが発生しないよう各種控除額の条件確認や控除額のシミュレーションは入念に行いましょう。