「iDeCo（イデコ）」の控除証明書を捨ててしまった。証明書なしでも確定申告できる？それとも還付を諦めるべき？

配信日: 2026.03.12

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「iDeCo（イデコ）」の控除証明書を捨ててしまった。証明書なしでも確定申告できる？それとも還付を諦めるべき？

個人型確定拠出年金（iDeCo）の掛金を支払った場合は、その掛金全額が所得控除の対象になる場合があります。

会社員であれば年末調整を受けられますが、そうでない場合は自分で確定申告をしなければなりません。

今回は、確定申告するにあたって「iDeCoの控除証明書を捨ててしまった」「紛失してしまった」という場合の再発行の手順や、確定申告期限を過ぎてから還付を受ける方法についてご紹介します。

執筆者 : FINANCIAL FIELD編集部 ▼

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1 「iDeCo（イデコ）」の控除証明書がなくても確定申告は可能？
2 証明書を紛失した場合の再発行手続き
3 期限に間に合わなくても還付を受ける方法
4 控除証明書がない場合は再発行して確定申告、期限後は還付申告で対応可能

「iDeCo（イデコ）」の控除証明書がなくても確定申告は可能？

iDeCoの掛金を支払った際には「小規模企業共済等掛金控除」として所得控除が適用されます。

勤務先で年末調整を受けられない場合は自分で確定申告を行う必要がありますが、その際には「小規模企業共済等掛金払込証明書」と呼ばれる控除証明書がないと控除を受けられません。

この証明書には、すでに納付済みの掛金額と同年12月までの納付予定掛金額が記載されています。iDeCoの掛金の支払いを個人払い（口座振替）にしている人の元へ、毎年10月下旬ごろに届くことになっています。

e-Taxを利用して確定申告する場合は証明書を添付する必要はありませんが、証明書の内容を入力しなければならないため、紛失してしまった場合は再発行してもらいましょう。

証明書を紛失した場合の再発行手続き

「小規模企業共済等掛金払込証明書」の再発行を希望する場合は「小規模企業共済等掛金払込証明書再発行申請書」に必要事項を記入し、iDeCoに加入中の金融機関へ提出する必要があります。
提出からおおむね2週間前後で手元に届くでしょう。

また、マイナポータルを経由して証明書の電子データを受け取ることも可能です。手続きの手順は以下のようになっています。

・マイナポータルの利用者登録を行う
・「e-私書箱」のアカウントを作成する
・「e-iDeCoサービス」の利用申込を行う
・「e-iDeCoサービス」にログインして「e-私書箱」と連携する

電子データで受け取ることで証明書の管理や保管が容易になるほか、確定申告の手続きにもそのまま利用できるメリットがあります。

期限に間に合わなくても還付を受ける方法

控除証明書を捨ててしまい、確定申告の期限に間に合わなかった場合でも、還付を受けられる可能性があります。今回の「小規模企業共済等掛金控除」のほか、医療費控除や生命保険料控除など、税金が戻る内容の申告は「還付申告」として扱われ、法定申告期限を過ぎた場合でも手続きが可能です。

国税庁によると、還付申告書は、確定申告期間とは関係なく、対象となる年の翌年1月1日から5年間提出することができるとされています。そのため、控除証明書を再発行できれば、後から申告を行うことで納め過ぎた税金が還付される場合があります。

ただし、還付を受けるまでの期間は申告のタイミングによって変わるため、必要書類がそろい次第、早めに手続きを行うことが望ましいでしょう。

控除証明書がない場合は再発行して確定申告、期限後は還付申告で対応可能

iDeCoの掛金を支払った場合は、年末調整もしくは確定申告することで「小規模企業共済等掛金控除」の対象となり、還付金を受けられる可能性があります。

控除を受けるためには10月下旬ごろに送られてくる控除証明書が必要になるため、誤って捨ててしまった場合などは再発行の手続きをしましょう。

確定申告の期限までに再発行が間に合わなかった場合でも、還付申告の手続きをすれば納め過ぎた税金が還付される場合があります。控除証明書が再発行されたら、なるべく早く申告しましょう。