会社で「住民税決定通知書」を見てショック！ ふるさと納税「5万円」寄附したのに“住民税”が全く安くなってない…「医療費控除」をしたら手遅れですか？ 更正の請求の手順を解説
ワンストップ特例の申請書はきちんと送ったのに、なぜ控除が反映されていないのでしょうか。実は、医療費控除などのために確定申告を行ったことが原因である可能性があります。本記事では、ワンストップ特例が無効になる仕組みと、今からでも税金を取り戻せるリカバリー方法をFPが解説します。
2級ファイナンシャルプランナー技能士
確定申告をするとワンストップ特例はすべて無効になる
ふるさと納税の手続きを簡単にする「ワンストップ特例制度」。寄附先の自治体に申請書を郵送するだけで、確定申告なしで住民税が安くなる仕組みです。ただし、この制度には「確定申告を行った場合、ワンストップ特例の申請はすべて無効になる」というルールがあります。
つまり、会社員が「医療費控除」や「1年目の住宅ローン控除」などを受けるために確定申告を行った場合、それまで提出していたワンストップ特例の申請は白紙に戻ります。その際、確定申告書の「寄附金控除」の欄にふるさと納税の金額（今回の場合は5万円）を記入しないと、控除が一切適用されません。
5万円が大損に？ 通知書の「ここ」をチェック
ふるさと納税がきちんと控除されているかを確認するには、届いた住民税決定通知書の「摘要」欄、あるいは「税額控除額」の欄を見てみましょう。
ここに寄附金額から自己負担額の2000円を引いた金額（5万円寄附したなら約4万8000円）が記載されていなければ、控除が漏れている可能性があります。このまま放置すれば、5万円の寄附は全額自己負担となり、控除のメリットが受けられない状態になります。
「更正の請求」で払いすぎた税金を取り戻す手順
住民税の通知が届いた後でも、申告から漏れたふるさと納税の控除は「更正の請求」という手続きで後から取り戻すことができます。
・必要書類を準備する
寄附先の自治体から送られてきた「寄附金受領証明書」、あるいは国税庁長官が指定した特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」を手元に用意します。
・税務署に「更正の請求書」を提出する
確定申告をした翌日から5年以内であれば、申告のやり直しが認められています。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」から入力するか、管轄の税務署で手続きを行いましょう。
・還付と減額を待つ
手続きが認められると、払いすぎていた所得税が指定口座に還付され、役所へデータが連携されて翌月以降の住民税が減額されます。
まとめ
「ワンストップ特例」と「確定申告」は併用できません。医療費控除などのために確定申告をする年は、ふるさと納税の金額も忘れずに申告書へ記入する必要があります。
6月の住民税決定通知書を見て控除漏れに気づいた場合でも、5年以内であれば「更正の請求」で対処できます。手元にある寄附金受領証明書を確認し、税務署で手続きを行うことで、払いすぎた税金を取り戻すことができるでしょう。
出典
総務省 ふるさと納税の流れ
国税庁 No.2026 確定申告を間違えたとき
執筆者 : 高橋祐太
2級ファイナンシャルプランナー技能士
