通勤交通費証明書を提出しても交通費分が非課税扱いされない。そんなときはどうすればいい？

通勤に必要な交通費は、時給などに含んだ形で支給されているか、それとも通勤手当のような形で別途支給されているかによって取り扱いが異なります。
 
交通費が時給に含まれた形で支給されていると、基本的には交通費に相当する分も所得税の課税対象となってしまいます。
 
逆に、通勤手当のような形で別途支給されていると、一部の例外的な場合を除いて非課税とされます。
 
また、課税されてしまった交通費分について精算しようと「通勤交通費証明書」を提出して確定申告を行っても、結局税務署から修正を求められてしまうといったことも多々あります。
 
なぜ、交通費が時給に含まれてしまっていると、非課税として認められないのでしょうか。
 
「通勤交通費証明書」は何ら法的効果を持たないのでしょうか。
 

そもそも「通勤交通費証明書」とは？

まず「通勤交通費証明書」について簡単に説明します。
 
「通勤交通費証明書」とは、勤務先が発行する書類であり、通勤のために必要な交通費について証明された書類です。
 
また、「通勤交通費証明書」が発行されたからといって、会社が別途手当のような形で交通費を支給する義務が発生するわけではありません。さらに、会社には「通勤交通費証明書」を発行しなければならないという義務はありません。
 
「通勤交通費証明書」の発行はあくまでも会社の任意であり、基本的には何らかの法的効果も発生しません。
 

通勤交通費証明書を提出しても交通費分は非課税とならない？その理由は？

交通費分について精算するため「通勤交通費証明書」を添付して確定申告を行っても、税務署において修正を求められてしまうことがあります。
 
なぜなら、非課税とされる交通費について、原則的には次のように考えられているからです。
 
“通勤のための交通費は手当として通常の給与とは別途加算される形で支給されており、かつ、通常必要であると認められる部分についてのみ所得税を非課税とする。”
 
上記の考え方によって判断するのであれば、時給などに交通費を含んだ形で支給されてしまうと、原則として非課税とならないことになるのです。
 

時給などに含まれた交通費を非課税扱いとすることは難しい

今のところ、時給などに交通費が含まれている給与形態において、交通費分を後から精算することは難しいというのが現実です。
 
特定支出控除という制度を利用して控除を受けることが可能ではあるのですが、適用判定の基準が高めに設定されており、交通費が別途支給されている場合と同様に取り扱うというのも難しいでしょう。
 
であるならば、やはり交通費については別途支給されているお仕事を探すか、勤務先に別途支給という形式に変更してもらうようお願いするほかないでしょうか。
 
あるいは、給与アップの交渉なども有効な手でしょう。特に、残業や休日出勤の多い場合は基本給が上がることで時間外手当の額も上がり、結果的に交通費を支給してもらうよりも多くのお金が手元に残ることもあります。
 
交通費の取り扱いについて理不尽に感じることも多いかもしれませんが、これまで述べたような運用が行われている以上、それに従うほかありません。
 
交通費の支出が気になるのであればやはり最初から交通費の別途支給されるお仕事を探すか、交通費を差し引いても満足のいく給与が得られるお仕事を選択するべきでしょう。
 
Text：柘植輝（つげ ひかる）
行政書士・２級ファイナンシャルプランナー