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源泉徴収ありの特定口座で所得税の確定申告を行った場合の住民税について

執筆者 : 大泉稔

配信日: 2023.03.08 更新日: 2025.07.02

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源泉徴収ありの特定口座では、原則として確定申告が不要になります。しかし、あえて所得税の確定申告をすることで得ることができるメリットがあります。そして、そのメリットは住民税も同じです。詳しく解説します。

執筆者 : 大泉稔 ▼

株式会社ｆｐＡＮＳＷＥＲ代表取締役

専門学校東京スクールオブビジネス非常勤講師
明星大学卒業、放送大学大学院在学。
刑務所職員、電鉄系タクシー会社事故係、社会保険庁ねんきん電話相談員、独立系ＦＰ会社役員、保険代理店役員を経て現在に至っています。講師や執筆者として広く情報発信する機会もありますが、最近では個別にご相談を頂く機会が増えてきました。ご相談を頂く属性と内容は、６５歳以上のリタイアメント層と３０〜５０歳代の独身女性からは、生命保険や投資、それに不動産。また２０〜３０歳代の若年経営者からは、生命保険や損害保険、それにリーガル関連。趣味はスポーツジム、箱根の温泉巡り、そして株式投資。最近はアメリカ株にはまっています。

1 源泉徴収ありの特定口座で、所得税の確定申告を行った場合に得られるメリット
2 所得税と異なる課税方式による住民税の課税の選択
3 所得税と異なる課税方式による住民税の課税の選択・・・住民税の申告
4 2022年度税制改正、2024年から所得税と異なる課税方式による住民税の課税の選択ができない

源泉徴収ありの特定口座で、所得税の確定申告を行った場合に得られるメリット

例えば、特定口座か一般口座かにかかわらず、株式を保有することによって得る配当金（＝配当所得）は、確定申告は不要です（＝申告不要制度の選択）。

しかし、総合課税で確定申告を行うことによって配当控除を得ることができるメリットがあります。そして配当所得を総合課税で確定申告を行うと、所得税と控除率は異なりますが、住民税でも配当控除を得ることができます。なお、住民税の申告は不要です。

また、複数の証券会社で、それぞれに特定口座を開設している場合も、確定申告をすることにより、住民税とともに所得税の還付を得ることができるメリットがあります。例えば、A証券会社で生じた株式の売却損と、B証券会社で保有している株式の配当金との、損益通算を行う場合、分離課税の確定申告を行いますが、住民税の申告は不要です。

さらに、同じ証券会社の特定口座内の場合、株式の損失と利益の損益通算はもちろん、株式の損失と配当金や（債券の）利金との損益通算まで証券会社のほうで行ってくれます。

しかし、もし損益通算しきれない損失がなお残ってしまった場合には、翌年以降に繰越控除が可能です。繰越控除を希望される場合にも、確定申告をすることにより、住民税とともに所得税の還付というメリットを得ることができますが、住民税の申告は不要です。

所得税と異なる課税方式による住民税の課税の選択

2017年度の税制改正により、配当金や株式売却益に対する住民税の課税について、所得税と住民税で異なる課税方式（総合課税と分離課税）を選択することができるようになりました。

例えば、保有しているすべての株式から得る配当金を、所得税では総合課税（＝配当控除）を確定申告するものの、住民税では申告不要制度を選択する（＝総合課税も分離課税も確定申告せず、源泉徴収のみで済ませる）ことができます。

この場合、所得税の確定申告書第二表「住民税に関する事項」の「特定配当等・特定株式等譲渡所得の全部の申告不要」欄に〇を記入することで、住民税について申告不要制度を選択することができ、住民税の申告は不要です。

では、所得税とは異なる課税方式を選択する場合はどうなるのでしょう。同じく配当金で考えてみます。

例えば、所得税は総合課税を、住民税では分離課税をそれぞれ選択する場合、あるいは所得税は総合課税、住民税では一部の株式の配当金のみ申告不要制度をそれぞれ選択する場合等には、所得税の確定申告とは別に、住民税の申告書の提出が必要です。

なお、先述の確定申告書第二表への記入と、住民税の申告書の提出の両方があった場合は、提出された住民税の申告書の内容が優先されます。

では、住民税の申告は、どのように行うのでしょうか？

所得税と異なる課税方式による住民税の課税の選択・・・住民税の申告

住民税の納税通知書が送達される日までに、税務署に提出する所得税の確定申告書とは別に、区・市役所や町村役場に「上場株式等の所得に関する住民税の課税方式選択申告書(*)」および「市民税・県民税申告書（＊）」を提出することにより、確定申告を行った所得税と異なる住民税の課税方式を選択することができます。

なお、一般口座や簡易申告口座で取引した上場株式等の譲渡所得等は、課税方式の選択はできません。
（＊）お住まいの自治体によって呼称が変わりますので、ご確認ください。

2022年度税制改正、2024年から所得税と異なる課税方式による住民税の課税の選択ができない

2022年度の税制改正により、2024年（申告所得は2023年分）から、所得税と異なる課税方式による住民税の課税の選択ができなくなり、所得税と住民税の課税方式を一致させなくてはなりません。

先述の例のように、保有している株式から得る配当金について、所得税では総合課税（＝配当控除）を確定申告した場合、2024年以後、住民税は申告不要制度を選択することができず、住民税も総合課税を選択したことになるのです。

以上のように、制度改正により変更になった点があります。確定申告の際に不明点があれば、お近くの税務署等に相談しましょう。