株で「200万円」の利益が! でも確定申告で“申告分離課税”を選んだら「20万円の損」に…いったいナゼ? 税金が増えてしまう“落とし穴”とは【FP解説】

配信日: 2026.02.27
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株で「200万円」の利益が! でも確定申告で“申告分離課税”を選んだら「20万円の損」に…いったいナゼ? 税金が増えてしまう“落とし穴”とは【FP解説】
株式や投資信託で利益が出ると、証券会社から「特定口座(源泉徴収あり)」であれば基本的に確定申告は不要と案内されます。
 
しかし、「損益通算したい」「配当控除を受けたい」と考えて確定申告を行い、申告分離課税を選んだ結果、思わぬ税負担増につながるケースがあります。場合によっては年間で20万円以上手取りが減ることもあるため注意が必要です。
上嶋勝也

2級ファイナンシャル・プランニング技能士

株や投資信託の税金の基本

株式や投資信託の売却益と配当金には、原則として20.315%(所得税15%+住民税5%+復興特別所得税0.315%)の税率がかかります。
 
特定口座(源泉徴収あり)を選べば、この税率で自動的に税金が差し引かれ、基本的に確定申告は不要です。例えば、売却益が100万円出た場合の税額は以下の計算になります。
 
100万円×20.315%=20万3150円
 
よって、売却益100万円から20万3150円が税金として差し引かれ、手取りは79万6850円となります。一見して分かりやすい仕組みです。しかし、確定申告をすると税額が変わる場合があります。
 

申告分離課税とは?

申告分離課税とは、給与などの所得とは分けて、投資の利益など一定の所得だけを分離して、一定の税率で申告する方法です。
 
損失が出た年にほかの口座と損益通算をしたり、翌年以降に損失を繰り越したりできるメリットがあります。しかし、ここに落とし穴があります。
 

落とし穴1:国民健康保険料が上がる

申告分離課税で利益を申告すると、その所得が住民税の計算に反映されます。その結果、職業によっては、国民健康保険料や後期高齢者医療保険料が上がる可能性があります。例えば、売却益200万円を申告した場合、以下のようになります。


住民税:10万円(売却益の5%)
国民健康保険料増加:申告者の所得額に応じて計算されます

このように所得税の税率は変わらなくても、保険料が上がることで実質負担が増える可能性があるのです。
 

落とし穴2:扶養や各種控除に影響

申告分離課税で利益を申告すると、「所得」として扱われるため、


・配偶者控除の対象外になる
・住民税非課税世帯から外れる
・児童手当や高等教育の就学支援制度に影響する

といったケースもあります。例えば、非課税世帯から外れると、医療費助成や保育料軽減がなくなり、年間10万円を超える負担増加となる場合もあります。
 

落とし穴3: 配当控除を狙った総合課税選択

配当所得は、申告分離課税のほかに「総合課税」が選択可能です。総合課税では配当控除が受けられるため、所得税率が低い人は有利になる場合があります。
 
しかし、課税所得が高い人が総合課税を選ぶと、累進課税制度によって所得税率が上昇していきます。例えば、税率23%の人が100万円の収益を手にすると、以下の通りです。
 
100万円×23%=23万円
 
このように、特定口座での源泉徴収の20万3150円よりも税額が増える可能性があります。ただし、国民健康保険料は所得の合計額で決まり、所得税、住民税は課税所得で決まるため、どの制度を使うのが得かを慎重に判断しましょう。
 

結局特定口座にして確定申告しないほうがいいのか?

個人の状況によっては、必ずしも確定申告で税額が増えるわけではありません。例えば、他口座で損失が出ている場合は、損益通算により税金が戻る可能性があります。
 
例として2つの証券口座を所持し、一方で利益、もう一方で損失が出ている場合を考えてみましょう。


A口座:利益100万円
B口座:損失80万円

この場合、2つの口座で課税対象となる金額は20万円となります。
 
20万円×20.315%=4万630円が税額です。このようなケースでは、確定申告をしたほうが税額を少なく抑えられます。確定申告をする決断の前に重要なことは、


・所得税
・住民税
・国民健康保険料
・各種手当や控除への影響

を総合的に確認することです。単純に「税率が同じだから」と安易に考えて確定申告をすると、思わぬコスト増につながります。
 

確定申告はシミュレーションしてから

株や投資信託の利益を申告分離課税で申告すること自体は、問題ありません。ただし、所得の増加による保険料や各種制度への影響まで考慮しないと、大きな負担になることがあります。
 
確定申告は、「やれば必ず得」というものではありません。「自分の状況に合っているか」を事前に税額・保険料のシミュレーションで確認し、必要に応じて税理士や税務署に相談することが大切です。
 

出典

国税庁 株式・配当・利子と税
国税庁 No.2240 申告分離課税制度
 
執筆者 : 上嶋勝也
2級ファイナンシャル・プランニング技能士

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