「医療費12万円」かかったのに“確定申告”を忘れた！ 年収500万円なら「還付は1万円ほど」と聞きますし、放っておいても大丈夫ですか？ 無申告でペナルティなどあるのでしょうか？
例えば、年収500万円で医療費が12万円だった場合、実際に戻る税金はどのくらいなのでしょうか。また、確定申告を忘れた場合にペナルティはあるのでしょうか。本記事では具体的な試算をもとに、医療費控除の仕組みと期限後の扱いを整理します。
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目次
医療費12万円ならいくら戻る？ 年収500万円のケースで試算
医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から差し引くことができる制度です。差し引いた金額に応じて、所得税や住民税が軽減されます。医療費控除の基本的な計算式は次のとおりです。
医療費控除額＝支払った医療費－10万円（総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5％）
会社員の場合、多くのケースで基準となるのは「10万円」のため、医療費が12万円だった場合、控除対象になる金額は2万円です。ここで注意したいのが、2万円がそのまま戻るわけではない点です。実際には、この金額に所得税率をかけた分が還付されます。
年収500万円の会社員であれば、課税所得はおおむね200万円台後半～300万円台前半のケースが多く、所得税率は5％または10％程度になることが一般的です。例えば、税率5％とすると軽減される所得税・住民税はそれぞれ以下のようになります。
所得税（5％）：2万円×5％ ＝1000円
住民税（一律10％）：2万円×10％＝2000円
このケースでは、約3000円の税金が軽減されます。また、年収別の目安の負担軽減額は図表1のとおりです。
図表1
国税庁 No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）より筆者作成
1万円程度なら申告しなくてもいい？ 医療費控除の考え方
医療費控除は制度上、必ず申告しなければならないものではありません。そのため、少額であれば「申告しなくても問題ないのでは」と考える人もいるでしょう。ここでは、申告義務と実際の扱いを整理します。
医療費控除は義務ではなく税金を減らすための制度
医療費控除は、納税者の負担を軽くするための制度です。つまり、確定申告をしなかった場合でもペナルティが課されることはありません。
会社員の場合、すでに給与から源泉徴収によって税金が支払われており、医療費控除はその税金の一部を戻す手続きにあたります。したがって、申告しなければ税金が戻らないだけで、罰則が発生することはないのです。
少額でも申告する人が多い理由
それでも、医療費控除をきちんと申告する人は少なくありません。その理由は、医療費が年によって大きく変わる可能性があるからです。
例えば、家族全員の医療費を合算すると控除額が大きくなる場合があります。また、将来的に医療費が増えた場合に備えて制度の仕組みを理解しておく意味でも、申告を経験しておくことには一定のメリットがあるでしょう。
ただし、還付額が数千円程度であれば、時間や手間を考えて「申告しない」という判断をする人もいます。
確定申告を忘れた場合はどうなる？ 期限後でも申告できる
確定申告は、通常翌年2月16日から3月15日（令和7年分3月16日（月）は）までが期限です。しかし、医療費控除の場合、期限を過ぎてもすぐに申告できなくなるわけではありません。
医療費控除は「還付申告」に該当する
医療費控除は、税金を納めるための申告ではなく、払い過ぎた税金を返してもらうための申告です。このような申告は「還付申告」と呼ばれます。還付申告は、その年の翌年1月1日から5年間提出できます。2025年分の医療費控除であれば、2031年12月31日まで申告が可能ということになります。
また、税金を追加で納める必要がある申告の場合、期限を過ぎると延滞税や加算税が発生するケースがあります。しかし、医療費控除のように税金が戻る申告の場合は、基本的にペナルティはありません。そのため「申告を忘れた」と気付いた場合でも、後日税務署やe-Taxで申告できます。
申告しなくてもペナルティはなく、還付申告は5年間可能
年収500万円程度の会社員で医療費が12万円かかった場合、控除対象は2万円で、実際の税金の軽減額は数千円となるケースが一般的です。医療費控除は申告しなくてもペナルティがある制度ではないため、少額であれば申告を見送るという判断も可能です。
医療費控除は、期限後でも5年間申告できる「還付申告」に該当します。確定申告を忘れた場合、後からでも手続きは可能なので、医療費が多かった年や還付額が大きくなりそうな場合は、申告を検討してはどうでしょう。
出典
国税庁 No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）
国税庁 No.2030 還付申告
執筆者：FINANCIAL FIELD編集部
ファイナンシャルプランナー
