「ワンストップ特例制度」を使ったのに、ふるさと納税分の“控除”が反映されておらずショック! 住民税決定通知書が届いたけど、もう控除は受けられないの? 正しく反映されていない場合の対処法とは

配信日: 2025.06.27 更新日: 2025.07.02
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「ワンストップ特例制度」を使ったのに、ふるさと納税分の“控除”が反映されておらずショック! 住民税決定通知書が届いたけど、もう控除は受けられないの? 正しく反映されていない場合の対処法とは
ふるさと納税は、実質2000円の負担で各自治体の特産品などがもらえる人気の制度です。利用している人も多いのではないでしょうか。
 
しかし、ふるさと納税分の税金の控除が反映されているかを、確認していない人もいるかもしれません。毎年6月頃に送られてくる住民税決定通知書で控除額を確認できますが、万一正しく控除が反映されていない場合はどうすれば良いのでしょうか?
 
本記事では、ふるさと納税をしたにもかかわらず税金の控除が正しく反映されていない場合の対処法について解説します。
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ふるさと納税とは?

ふるさと納税とは、自分の選んだ自治体に寄附を行い、寄附額のうち2000円を越える金額が所得税と住民税から控除される制度です。控除対象となる寄附額は、給与収入と家族構成によって上限金額があります。
 
この制度の人気の理由は、寄附した自治体からもらえる返礼品。実質2000円の負担で、各地の特産品などを受け取れます。ふるさと納税の適用を受けるための方法は、次の2つがあります。
 

確定申告を行う

ふるさと納税を行った翌年に寄附金控除として確定申告する方法です。確定申告すると、その年の所得税と翌年の住民税の両方を合わせて、寄附額のうち2000円を超える金額が控除されます。
 

ワンストップ特例制度を利用する

ワンストップ特例制度とは、確定申告をしなくても寄附金控除を受けられる仕組みです。ただし、ワンストップ特例制度を使うには、ふるさと納税を申し込む自治体数を5つ以内にしなければなりません。ワンストップ特例制度を利用する場合は、所得税からの控除は発生せず、翌年の住民税のみから控除されます。
 

ワンストップ特例制度が無効になるケース

確定申告が不要になり便利なワンストップ特例制度ですが、利用したつもりが無効になっているケースがあります。よくあるケースは次の2つです。
 

確定申告をしてしまった

別の何らかの理由で確定申告をした場合には、ワンストップ特例が無効となります。例えば、医療費控除や住宅ローン控除(初年度)を利用するために、確定申告をする場合などが挙げられます。確定申告をする場合には、ワンストップ特例を利用した自治体分も確定申告書に記載して提出すれば、寄附金控除の対象になります。
 

ワンストップ特例制度の利用先が6つ以上

前記のように、ワンストップ特例制度が利用できる自治体は5つまでという上限があるため、6つ以上の自治体に寄附するとワンストップ特例が受けられません。仮に6つ以上の自治体に寄附したい場合は、5つを超える自治体分だけを確定申告するのではなく、全自治体分を確定申告すれば寄附金控除の対象になります。
 

ふるさと納税が反映されていない場合の修正期限は5年以内

ふるさと納税による控除が正しく適用されていないことに気づいた場合、更正の請求という手続きで訂正が可能です。
 
更正の請求とは、確定申告の内容に誤りがあり、申告した税額が実際より多かった場合、確定申告後に正しい金額に訂正するための手続きです。更正の請求書を作成しe-Tax 経由で申請するか、書面で管轄の税務署へ提出することで手続きが行えます。更正の請求の期限は、原則として申告期限から5年以内ですので注意しましょう。
 

ふるさと納税による控除額に誤りがあれば早めに訂正しよう

ふるさと納税は寄附額に応じた返礼品を受け取りつつ、寄附額の2000円を超える金額について所得税や住民税の控除が受けられるお得な制度です。しかし一方で、ふるさと納税を行ったつもりでも、実際には控除が受けられていないケースもあります。この場合、5年以内であれば更正の請求の手続きを行うことで訂正が可能です。
 
ふるさと納税による控除が適用されているかは、毎年6月頃に送られてくる住民税決定通知書で確認できます。寄附して終わりではなく、正しい金額が控除されているか確認し、万一間違いに気づいた場合は早めに訂正しましょう。
 

出典

総務省ふるさと納税ポータルサイト ふるさと納税の流れ
国税庁 No.2026 確定申告を間違えたとき
 
執筆者 : FINANCIAL FIELD編集部
ファイナンシャルプランナー

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