「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」、お得なのはどちら？一度決めるとその年は「変更」できないの？

配信日: 2025.07.23

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「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」、お得なのはどちら？一度決めるとその年は「変更」できないの？

医療費の節税に利用できる制度には「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」の2つがあります。

それぞれどのような制度なのか、その違いは何なのか、いまひとつ分からないという人もいるでしょう。

本記事では、両制度の違いや節税効果を比較するとともに、年の途中で制度を変更できるかどうかについても解説します。

執筆者 : FINANCIAL FIELD編集部 ▼

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1 「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」の違いは？
2 「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」はどちらがお得？
3 一度決めた制度を途中で変更することは可能？
4 「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」のどちらがお得になるかは状況によって異なり、同一年の変更は不可

「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」の違いは？

医療費控除とは、1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から控除できる制度のことです。これにより、所得税や住民税の負担が軽くなる可能性があります。

控除額は、支払った医療費の合計から入院費給付金や高額療養費など、保険で補てんされる金額を差し引き、さらに10万円差し引いた金額となります。ただし、その年の総所得が200万円未満の場合は、10万円ではなく総所得の5％を差し引いた金額が控除対象となります。

一方、セルフメディケーション税制は、特定一般用医薬品などの購入費に対して適用される医療費控除の特例です。特定一般用医薬品とは、もともと医療機関で使用されていた医療用医薬品が、ドラッグストアなどで購入できるOTC医薬品として転用されたものを指します。

国税庁によると、セルフメディケーション税制による控除の上限は8万8000円です。控除額は「1年間に支払った特定一般用医薬品等購入費の総額－保険金などで補塡（ほてん）される金額－1万2000円」で計算されます。

「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」はどちらがお得？

セルフメディケーション税制は、医療費控除の特例にあたるため、どちらか一方の制度しか利用できません。そのため、どちらの制度を利用した方がお得なのか、迷う人もいるでしょう。

例えば、以下のケースをもとに、医療費控除を利用した場合とセルフメディケーション税制を利用した場合を比較してみます。

・年間課税所得：420万円

・市販薬の購入額：年間4万円

・医療機関での自己負担額：年間8万円

※市販薬はセルフメディケーション税制、医療費控除の双方の対象商品とする

医療費控除を利用した場合の控除対象額：（4万円＋8万円）－10万円＝2万円

年間課税所得420万円の場合の所得税の税率は20％なので2万円×20％＝4000円、住民税は一律10％なので2万円×10％＝2000円で、合計6000円の減額となります。

セルフメディケーション税制を利用した場合の控除対象額：4万円－1万2000円＝2万8000円

所得税は2万8000円×20％＝5600円、住民税は2万8000円×10％＝2800円で、合計8400円の減額となります。

医療費控除と比較した場合、セルフメディケーション税制を利用した方が2400円安くなっています。

一度決めた制度を途中で変更することは可能？

医療費控除やセルフメディケーション税制の適用を受けるには、確定申告が必要です。

いったん確定申告書を提出すると、医療費控除とセルフメディケーション税制を切り替えることは認められていません。

更正の請求や修正申告書の提出をしても変更はできないため、どちらを利用するかは慎重に検討したうえで選択しましょう。

「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」のどちらがお得になるかは状況によって異なり、同一年の変更は不可

医療費の負担を軽減したい場合、「医療費控除」や「セルフメディケーション税制」を活用できることがあります。

それぞれ計算方法が異なるため、どちらの制度を利用した方が自分にとってはお得なのか、シミュレーションしてみるとよいでしょう。

確定申告書を提出してしまうと、その年は医療費控除とセルフメディケーション税制の切り替えができなくなるため、よく検討したうえで選ぶことをおすすめします。