ふるさと納税はワンストップ特例で済ませましたが、「医療費」の領収書を整理したら「12万円」に。医療費控除は見送るべきですか？

配信日: 2026.02.05

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ふるさと納税はワンストップ特例で済ませましたが、「医療費」の領収書を整理したら「12万円」に。医療費控除は見送るべきですか？

ふるさと納税を「ワンストップ特例制度」で済ませ、「確定申告は不要」と思っていたところ、年末に医療費の領収書を整理したら自己負担額が12万円に達していた――このようなケースでは、医療費控除を申告すべきか迷う人もいるでしょう。ふるさと納税と医療費控除は併用できる制度ですが、手続きの方法によっては注意点もあります。

本記事では、それぞれの制度の仕組みを整理したうえで、医療費控除を見送るかどうかを判断する際の考え方を解説します。

執筆者 : FINANCIAL FIELD編集部 ▼

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1 ふるさと納税と「ワンストップ特例制度」の仕組み
2 医療費控除とはどのような制度か
3 ふるさと納税と医療費控除は併用できる
4 確定申告をするとワンストップ特例はどうなるか
5 医療費控除を見送るかどうかの判断ポイント
6 まとめ

ふるさと納税と「ワンストップ特例制度」の仕組み

ふるさと納税は、自分の選んだ自治体に寄附を行うことで、自己負担2000円を除いた金額について、所得税や住民税の控除を受けられる制度です。通常は確定申告が必要ですが、確定申告が不要な給与所得者などについては、一定の条件を満たせば「ワンストップ特例制度」を利用することで確定申告を省略できます。

ワンストップ特例制度を利用するためには、寄附先の自治体数が5団体以内であることや、確定申告が不要な立場であることなどが要件となります。申請書を提出すると、所得税の還付は行われず、翌年度の住民税から控除される仕組みです。このため、「確定申告をしなくてよい」という点が大きなメリットとされています。

医療費控除とはどのような制度か

医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得控除を受けられる制度です。原則として、1年間（1月1日から12月31日まで）の医療費の自己負担額が10万円、またはその年の総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等の5％を超えた場合、その超過分が控除対象となります。

今回のように、年間医療費が12万円で保険金などによる補てんがない場合、他の条件に問題がなければ、2万円分が医療費控除の対象となる計算です。医療費控除は、本人だけでなく、生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費も合算できる点が特徴です。

ふるさと納税と医療費控除は併用できる

制度上、ふるさと納税と医療費控除は併用が可能です。どちらか一方しか選べないというものではなく、要件を満たせば両方の控除を受けることができます。

ただし、医療費控除を受けるためには確定申告が必要になります。この点が、ワンストップ特例制度を利用している人にとって重要な注意点です。

確定申告をするとワンストップ特例はどうなるか

国税庁によると、「ふるさと納税ワンストップ特例の適用に関する申請書を提出している方であっても、ふるさと納税を行った年分と同じ年分の確定申告を行う場合には、ふるさと納税の金額を含めて寄附金控除額の計算を行う必要があります」とされています。

つまり、医療費控除を受けるために確定申告を行うと、ワンストップ特例は無効となり、ふるさと納税について、確定申告の中で寄附金控除として改めて申告し直す必要があります。

ワンストップ特例を使ったからといって、確定申告をしてはいけないわけではありませんが、確定申告を行う場合には、ふるさと納税分も含めてすべての控除を確定申告で申告し直すことになります。この点は事前に理解しておく必要があります。

医療費控除を見送るかどうかの判断ポイント

医療費が12万円で、その年の総所得金額等が200万円以上、保険金などで補てんされる金額がない場合、控除対象は2万円分となる計算です。仮に所得税率が10％の人であれば、所得税の軽減効果は約2000円、住民税も含めると軽減額は数千円程度になる可能性があります。

一方で、確定申告を行う場合には、前述の通り医療費控除だけでなく、ふるさと納税の寄附金控除もすべて申告し直す必要があります。書類の準備や申告書作成の手間をどう考えるかによって、「見送る」という判断も現実的な選択肢になるかもしれません。

医療費控除の金額が小さい場合には、手続きの負担と控除額を比較し、どちらが自分にとって合理的かを考えることが重要です。

まとめ

ふるさと納税をワンストップ特例で済ませていても、医療費控除を受けるために確定申告を行うことは可能です。ただし、その場合はワンストップ特例が無効となり、ふるさと納税についても確定申告で改めて寄附金控除を申告する必要があります。

医療費が12万円の場合、控除額は限定的となる可能性があるため、控除による軽減額と申告手続きの負担を踏まえた判断が求められます。制度を正しく理解したうえで、自身の状況に合った選択をすることが大切といえるでしょう。